1994 begann die hauptamtliche Arbeit im Haus der Kirche mit zwei Stellen für Asylverfahrensberatung. Der Gründung war viel ehrenamtliches Engagement im Kirchenkreisverband vorausgegangen: mit dem Evangelischer Arbeitskreis für Ausländerfragen und der Gründung des Evangelischen Arbeitskreises Asyl 1991. Rassistische Übergriffe auf Flüchtlinge in Deutschland schreckten damals die Öffentlichkeit auf und bewogen christliche Gemeinden, „deutlich und für jedermann sichtbar ihren Platz an der Seite der in Angst und Schrecken lebenden Asylsuchenden und Flüchtlinge einzunehmen“, wie der damalige Präses Peter Beier in einem Aufruf schrieb.
In den 1990er-Jahren wurde in Düsseldorf die Erstaufnahme von Flüchtlingen auf zwei Schiffen im Rhein eingerichtet. Die Verweildauer betrug dort nur drei bis vier Tage, so dass der Beistand im Asylverfahren eine große organisatorische Herausforderung darstellte. 2007 wurde die Erstaufnahme nach Dortmund verlegt, daher endete in Düsseldorf die Landesförderung für die Asylverfahrensberatung. Eine Rückkehrberatung wurde neu eingerichtet, die rückkehrwilligen und -fähigen Flüchtlingen auch heute noch dabei hilft, in der alten Heimat wieder Fuß zu fassen.
Seit dem Ende der Asylverfahrensberatung in Düsseldorf richtet die Ev. Flüchtlingsberatung ihre Arbeit auf die soziale Begleitung von Flüchtlingen aus, die in den Unterkünften der Stadt leben, und weitet ihre Aktivitäten für besonders schutzbedürftige Flüchtlinge aus. Darin wird sie vom Europäischen Flüchtlingsfonds unterstützt. 2007 übernimmt die Diakonie Düsseldorf die Trägerschaft der Ev. Flüchtlingsberatung vom Kirchenkreis.
Im Frühjahr 2013 vertraut die Stadt Düsseldorf der Ev. Flüchtlingsberatung die Betreuung der Flüchtlinge in allen Düsseldorfer Unterkünften an. Damals sind dies 750 Personen. Inzwischen hat sich die Zahl verdoppelt, die Stadt finanziert deshalb bei der Diakonie zusätzliche Mitarbeiter. Denn die Hilfsbedürftigkeit von Flüchtlingen ist groß. Viele sind traumatisiert: Sie haben die Ermordung von Angehörigen miterlebt, wurden vergewaltigt, haben all ihren Besitz verloren. Viele sind körperlich krank und verwundet. Neben psychologischer und medizinischer Hilfe brauchen sie Unterstützung dabei, die vielen Formalitäten bei Behörden abzuwickeln, Kindertagesstätten und Schulen für ihre Kinder zu finden und sich an die Gepflogenheiten der deutschen Gesellschaft zu gewöhnen. Die Ev. Flüchtlingsberatung kann ihre immensen Aufgaben nur dank viel ehrenamtlichen Engagements, zum Beispiel aus den evangelischen Kirchengemeinden, erfüllen. Bei der Verständigung in den vielen verschiedenen Sprachen kommen Sprach- und Kulturmittler zum Einsatz. Neben EU-Fördermitteln helfen Spenden dabei, den Flüchtlingen etwa Therapien zu ermöglichen, Schulmaterialien anzuschaffen oder für Kinder Spielecken in den Unterkünften einzurichten.
